2013-03-06

[生物資訊] 序列比對資料庫 NCBI BlastDB

國家生物技術信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI) 是屬於美國國家衛生研究所(National Institutes of Health, NIH)底下的美國國家醫學圖書館(National Library of Medicine, NLM)的一部分。NCBI位於馬里蘭州(Maryland)的貝塞斯達(Bethesda),建立於1988年,負責保管GenBank的基因測序數據和Medline的生物醫學研究論文索引。

生物資訊學中(生物信息學),BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 是一個用來比對生物序列的一級結構(如不同蛋白質的胺基酸序列或不同基因的DNA序列)的演算法。 已知一個包含若干序列的資料庫,BLAST可以讓研究者在其中尋找與其感興趣的序列相同或類似的序列。 例如如果某種非人動物的一個以前未知的基因被發現,研究者一般會在人類基因組中做一個BLAST搜索來確認人類是否包含類似的基因(通過序列的相似性)。BLAST演算法以及實現它的程序由NCBI的Eugene Myers、Stephen Altschul、Warren Gish、David J. Lipman及Webb Miller博士開發的。

說到比對生物序列就一定要知道NCBI所提供的序列資料庫,最主要的分類如nt(nucleotide)、nr(peptide)、est_human(nucleotide)等等,因為分類眾多且皆有不同應用價值,不仿在使用前先參考NCBI BlastDB的介紹,找到你想使用的資料庫後再到FTP下載來做分析研究。

blastdb FTP: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/
refseq FTP: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/

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